Rückspiele --> Entscheidung - Qualifikation für die Gruppenphase --> Uefa Pokal 2008/2009
In der ersten Hauptrunde im UEFA Pokal geht es um die Qualifikation für die Gruppenphase im UEFA Cup. Die 1. Hauptrunde bestreiten 80 Mannschaften jeweils in Hin- und Rückspiel. Die 40 siegreichen Teams werden für die Gruppenphase in acht Gruppen mit jeweils fünf Mannschaften eingeteilt. Jede Mannschaft muss in der Gruppenphase vier Begegnungen absolvieren, zwei zu Hause und zwei auswärts. Die drei Erstplatzierten jeder Gruppe bestreiten anschließend zusammen mit den acht Drittplatzierten der UEFA Champions League-Gruppenphase die Runde der letzten 32 im UEFA Pokal. Ab diesem Zeitpunkt geht es wieder mit den traditionellen Hin- und Rückspielen nach dem KO-System weiter, bis schließlich die beiden Finalteilnehmer feststehen.