Die 40 siegreichen Teams der 1. Hauptrunde im UEFA Pokal haben sich für die Gruppenphase qualifiziert, welche in acht Gruppen mit jeweils fünf Mannschaften ausgetragen wird. Jede Mannschaft muss in der Gruppenphase vier Begegnungen absolvieren, zwei zu Hause und zwei auswärts. Die drei Erstplatzierten jeder Gruppe bestreiten dann zusammen mit den acht Drittplatzierten der UEFA Champions League-Gruppenphase die Runde der letzten 32 im UEFA Cup. Ab diesem Zeitpunkt geht es wieder mit den traditionellen Hin- und Rückspielen nach dem KO-System weiter, bis schließlich die beiden Finalteilnehmer feststehen.